Ballz Deep is een op fysica gebaseerd incrementeel inactief spel, volledig vrij van opdringerige advertenties. Ballen dalen van bovenaf en komen verschillende obstakels tegen. Strategische upgrades zijn de sleutel tot het overwinnen van deze uitdagingen.
Verbeter je gameplay met upgrades die invloed hebben op de ballen, obstakels en zelfs het excentrieke buitenaardse karakter. De game beschikt over een prestigesysteem dat wordt gevoed door munten uit het eindspel, waardoor een bevredigende incrementele laag wordt toegevoegd. Gebruik ten slotte roguelike-kaarten om strategische voordelen te ontgrendelen, niveaus te beïnvloeden en wereldwijde boosts te geven.