एनआईईआर: ऑटोमेटा हथियारों की एक विस्तृत श्रृंखला प्रदान करता है, जिससे खिलाड़ियों को कई प्लेथ्रू में विभिन्न लोडआउट के साथ प्रयोग करने की अनुमति मिलती है। प्रत्येक हथियार कई उन्नयन स्तरों का दावा करता है, जो उनकी उपयोगिता बढ़ाता है और खिलाड़ियों को पूरे खेल में अपने पसंदीदा का उपयोग करने में सक्षम बनाता है।
प्रतिरोध शिविर में हथियार उन्नयन आसानी से उपलब्ध हैं, हालांकि हथियार के आधार पर विशिष्ट संसाधनों की आवश्यकता होती है। एक महत्वपूर्ण सामग्री, बीस्ट हाइड्स, आसानी से प्राप्त नहीं होती है; यह मार्गदर्शिका कुशल खेती के तरीकों का विवरण देती है।
जानवरों की खाल मूस और सूअर जैसे वन्यजीवों को हराकर प्राप्त की जाती है। ये जीव बेतरतीब ढंग से निर्दिष्ट मानचित्र क्षेत्रों में दिखाई देते हैं, आमतौर पर खिलाड़ियों और आस-पास के रोबोटों से बचते हैं। मिनी-मैप पर उनके सफेद चिह्न उन्हें मशीनों के काले चिह्न से अलग करते हैं। हालाँकि, मशीनों के विपरीत, वन्यजीव बार-बार प्रतिक्रिया नहीं करते हैं, जिसके लिए रणनीतिक खोज की आवश्यकता होती है।
मूस और सूअर विशेष रूप से खेल के बर्बाद शहर और वन क्षेत्रों में निवास करते हैं। उनका व्यवहार (भागना या हमला करना) उनके सापेक्ष खिलाड़ी के स्तर पर निर्भर करता है; उच्च स्तर के जानवर दूर से भी आक्रामक हो सकते हैं। वन्यजीवों में पर्याप्त स्वास्थ्य होता है, जिससे खेल के शुरुआती मुकाबले चुनौतीपूर्ण हो जाते हैं, खासकर समान या उच्च स्तर के प्राणियों के खिलाफ।
जानवरों का चारा वन्यजीवों को करीब ला सकता है, जिससे उनकी हार आसान हो जाएगी।
क्योंकि मुख्य कहानी के दौरान वन्यजीव लगातार प्रतिक्रिया नहीं करते हैं, खिलाड़ियों को खोज के दौरान उनका शिकार करना चाहिए। वन्यजीवों की प्रतिक्रिया यांत्रिकी मशीनों की तरह ही प्रतिबिंबित होती है:
कुशल बीस्ट हाइड खेती में सीधी पद्धति का अभाव है। जंगल और शहर के खंडहर क्षेत्रों में सभी सामना किए गए वन्यजीवों को लगातार नष्ट करने से आमतौर पर पर्याप्त खाल मिलती है। उनकी अपेक्षाकृत उच्च गिरावट दर को ध्यान में रखते हुए, अत्यधिक खाल जमा करना तब तक चिंता का विषय नहीं होना चाहिए जब तक कि वर्तमान में सुसज्जित हथियारों से अधिक हथियारों को अपग्रेड न किया जाए।