NieR: Automata biedt een breed scala aan wapens, waardoor spelers kunnen experimenteren met verschillende uitrustingen tijdens meerdere playthroughs. Elk wapen beschikt over meerdere upgradeniveaus, waardoor de bruikbaarheid wordt vergroot en spelers hun favorieten gedurende het hele spel kunnen gebruiken.
Wapenupgrades zijn direct verkrijgbaar in het Verzetskamp, hoewel er specifieke middelen nodig zijn, afhankelijk van het wapen. Eén cruciaal materiaal, Beast Hides, is niet gemakkelijk te verkrijgen; deze gids beschrijft efficiënte landbouwmethoden.
Beestenhuiden worden verkregen door dieren in het wild te verslaan, zoals elanden en zwijnen. Deze wezens verschijnen willekeurig in aangewezen kaartgebieden, waarbij ze doorgaans spelers en nabijgelegen robots vermijden. Hun witte iconen op de minikaart onderscheiden ze van de zwarte iconen van machines. In tegenstelling tot machines respawnen dieren in het wild echter niet vaak, waardoor strategisch zoeken nodig is.
Elanden en zwijnen bewonen uitsluitend de verwoeste stads- en bosgebieden van het spel. Hun gedrag (vluchten of aanvallen) hangt af van het niveau van de speler in verhouding tot dat van hen; Dieren van een hoger niveau kunnen zelfs op afstand agressief worden. Dieren in het wild beschikken over een aanzienlijke gezondheid, waardoor ontmoetingen in het begin van de game uitdagend zijn, vooral tegen wezens van vergelijkbare of hogere niveaus.
Animal Bait kan dieren in het wild dichterbij lokken, waardoor hun nederlaag eenvoudiger wordt.
Omdat dieren in het wild niet continu respawnen tijdens de hoofdverhaallijn, moeten spelers op hen jagen tijdens het verkennen. Respawn-mechanismen voor dieren in het wild weerspiegelen die van machines:
Efficiënte beesthuidenhouderij heeft geen eenvoudige methode. Het consequent elimineren van alle aangetroffen wilde dieren in bos- en stadsruïnegebieden levert doorgaans voldoende schuilplaatsen op. Gezien hun relatief hoge drop-rate zou het verzamelen van buitensporige huiden geen probleem moeten zijn, tenzij je meer wapens upgradet dan je momenteel hebt.