NieR: Automata cung cấp nhiều loại vũ khí, cho phép người chơi thử nghiệm nhiều cách nạp khác nhau trong nhiều lần chơi. Mỗi vũ khí đều có nhiều cấp độ nâng cấp, mở rộng tính hữu dụng của chúng và cho phép người chơi sử dụng những thứ họ yêu thích trong toàn bộ trò chơi.
Nâng cấp vũ khí có sẵn tại Trại kháng chiến, mặc dù cần có nguồn lực cụ thể tùy thuộc vào vũ khí. Một vật liệu quan trọng, Beast Hides, không dễ dàng có được; hướng dẫn này trình bày chi tiết các phương pháp canh tác hiệu quả.
Da thú có được bằng cách đánh bại động vật hoang dã, chẳng hạn như nai sừng tấm và lợn rừng. Những sinh vật này xuất hiện ngẫu nhiên trong các khu vực bản đồ được chỉ định, thường tránh người chơi và robot ở gần. Biểu tượng màu trắng của chúng trên bản đồ nhỏ giúp phân biệt chúng với biểu tượng màu đen của máy móc. Tuy nhiên, không giống như máy móc, động vật hoang dã không hồi sinh thường xuyên, đòi hỏi phải có chiến lược tìm kiếm.
Nai sừng tấm và lợn rừng chỉ sinh sống tại các khu rừng và thành phố đổ nát trong trò chơi. Hành vi của họ (chạy trốn hoặc tấn công) phụ thuộc vào cấp độ của người chơi so với cấp độ của họ; động vật cấp cao hơn có thể trở nên hung dữ ngay cả ở khoảng cách xa. Động vật hoang dã có lượng máu đáng kể, khiến những cuộc chạm trán đầu trò chơi trở nên khó khăn, đặc biệt là khi đối đầu với những sinh vật có cấp độ tương tự hoặc cao hơn.
Mồi động vật có thể thu hút động vật hoang dã đến gần hơn, đơn giản hóa việc đánh bại chúng.
Vì động vật hoang dã không hồi sinh liên tục trong cốt truyện chính nên người chơi phải săn chúng trong khi khám phá. Cơ chế hồi sinh của động vật hoang dã phản chiếu cơ chế của máy móc:
Việc nuôi thú bằng da thú hiệu quả không có phương pháp đơn giản. Việc loại bỏ liên tục tất cả các loài động vật hoang dã gặp phải trong rừng và các khu vực đổ nát của thành phố thường mang lại đủ da sống. Với tỷ lệ rớt tương đối cao, việc tích lũy quá nhiều da không phải là vấn đề đáng lo ngại trừ khi nâng cấp nhiều vũ khí hơn mức trang bị hiện tại.