Banyak permainan mempunyai jumlah pengakhiran yang berbeza yang mengejutkan. Walaupun tidak banyak pengakhiran dalam "STALKE 2: Heart of Chernobyl", masih terdapat 4 pengakhiran yang berbeza.
Pemain akan menghadapi banyak pilihan penting sepanjang permainan yang akan mempengaruhi hasil akhir, memfokuskan pada tiga misi khusus: Kehalusan, Penghubung Berbahaya dan Harapan Terakhir. Nasib baik, misi ini terletak kemudian dalam permainan, dan pemain boleh mara ke "Zone Legend" dan menyimpan secara manual, dengan itu mengalami semua pengakhiran tanpa perlu memainkan semula keseluruhan permainan.
Pilihan yang mempengaruhi pengakhiran "STALKE 2"
Disenaraikan di bawah adalah setiap pengakhiran dan pilihan dialog utama yang perlu dibuat pemain semasa misi utama:
Memilih laluan untuk melindungi kawasan tersebut akan membolehkan pemain menyebelahi Strelock dan mengawal kawasan tersebut. Pemain perlu membuat musuh semua puak lain untuk mengambil jalan ini, termasuk menolak Skarr, melarikan diri dari Korshunov dan menembak Kaimanov. Strylock ialah watak yang pernah muncul dalam karya lepas, dan ia amat berbaloi untuk mengetahui latar belakang mereka.
Untuk mendapatkan pengakhiran ini, pemain perlu mengulangi pilihan yang sama dari pengakhiran sebelumnya. Bagaimanapun, mereka perlu meletakkan senjata mereka dan berdiri bersama Kemanov, bukan menembaknya. Dia seorang saintis yang ingin melihat apa yang akan berlaku jika zon itu dibiarkan bersendirian, dan ia mempunyai hak untuk berada di luar kawalan sesiapa.
Satu lagi puak yang menakutkan dalam STALKE 2 ialah Sparks. Puak itu diketuai oleh Skarr, protagonis permainan masa lalu dalam siri ini, STALKE: Clear Skies. Membantu Skarr akan membawanya ke pod yang dia percaya akan membawanya ke Kawasan Bersinar. Walaupun sesetengah misi memerlukan anda memilih antara ketiga-tiga misi penting ini, penamat Sparks hanya memerlukan pemain memilih antara dua daripadanya.
Terdapat banyak puak dalam STALKE 2: Heart of Chernobyl, salah satunya ialah Pengawal. Membuat pilihan ini akan membolehkan pemain menyebelahi Kolonel Krushenov dalam kempen untuk memusnahkan kawasan itu sepenuhnya. Seperti Spark Ending, hanya dua misi penting dalam membuat pilihan.